为推动少年军校这一教育形式的健康发展，使之逐步走向系统化、正规化和科学化的轨道，全国少工委于1996年决定成立中国少年军校总校。中国少年军校总校由团中央、全国少工委、解放军总政治部、教育部、公安部、武警部队、国家国防教育办公室、青少年国防教育工作委员会等相关部门组成，是围绕全国基层少年军校开展工作的管理和服务机构。

中国少年军校总校直属全国少工委和青少年国防教育工作委员会领导，归口中国少先队事业发展中心管理。中国少年军校总校办公室由中国少年军校总校直接领导，是负责少年军校总校日常工作的实施、操作机构，设在中国少先队事业发展中心。